層析柱上樣量的確定主要由柱體積和所使用填料的載量來決定。
1. 柱體積（CV）：指的是層析柱中裝填的填料的總體積，這可以通過層析柱的截面積及填料裝填的高度來計算得到。
2. 載量：填料在一定條件下結合目的分子的能力，這分為靜態載量和動態載量。靜態載量（有效載量）是在一定的條件下，可以結合在層析填料上的真實樣品的數量。這個數值是通過使用真實的樣品和介質充分浸潤飽和后，測定結合在填料上的樣品總量得到的。這個數值會受到pH、離子強度、添加劑以及樣品等因素的影響，實驗條件改變，有效結合載量也會變化。動態載量則是在一定的運行條件下，可以結合在層析柱上的樣品數量。除了pH、離子強度、添加劑以及樣品，運行流速也會影響動態結合載量。一般來說，流速越低，動態結合載量越高。如果流速接近于零，動態結合載量等于有效載量。
在實際操作中，可以根據填料的動態載量來確定上樣量。對于凝膠過濾層析，上樣量通常在柱床體積的5%以內，根據樣品的性質在0.5%\~5%之間適當調整。對于離子交換/疏水層析，在捕獲及粗純階段，上樣量建議控制在柱吸附量（填料載量×柱床體積）的30%左右，最高不超過50%；在精純階段，上樣量建議在柱吸附量的60%左右，最高不超過80%。
