定量與校正
當化合物已知，像臨床試驗中，收集很多獨立樣品的統計數據，服用的藥物和其目標代謝物已經完全表征，以上情況下不需要全掃描質譜圖。但是，在復雜生理性的混合物中，要求非常高的靈敏度，因此設置質譜儀僅監測特定m/z值。因為離子連續流過三重或串聯四極桿，所以沒有必要限制離子流進入質量分析器。與之相反，離子阱有明確的有限容積，因此，需要防止過多的離子進入離子阱。不限制離子強度，結果在質譜圖中會出現不想要的或意外的峰，這樣當試圖在GC/MS譜庫中搜尋EI譜時將非常麻煩。離子阱的設計已經發生很大的改變，允許外部電離（在質量過濾器外獲得離子，隨后離子注入離子阱），而不是內部電離（在質量過濾器電離）。設計的變更帶來了一個問題，在阱中會發生離子分子反應，但同時對離子流有一定限制。甚至在MRM模式下，這種總離子流的自動調節機制會引起對單個色譜峰的不規則采樣間隔。因此，最終，在復雜基質的痕量分析中，離子阱具有一定局限性，尤其當要求有極高的準確度和精確度時，在這種情況下，因為數據必須具有合理性，或必須符合定量分析的準確度和精確度的嚴格標準。
MS定量分析時，通常需要使用內標化合物。內標用于控制樣品提取、LC進樣和電離等過程的誤差。如果沒有內標物，各種重復試驗中的RSD將比有內標物的重復實驗高出10倍。最好的內標物是目標分子的同位素標記物。雖然合成這類分子非常昂貴，但是其有類似的提取回收率，色譜保留時間和質譜電離響應等。
校正
質譜學家使用校正化合物調整質量校正比例和離子相對強度，與已知被測物相匹配。所有質譜儀上都需進行這一操作，因為電子、表面的清潔度和實驗室的周圍條件可能影響質譜儀的有效測量能力。對一些在低分辨質譜儀上進行的要求不高的分析來說，校正可以較少，但儀器響應高低的檢查要經常做。但是，高的質量準確度則要求對質量精度隨時監控。
對GC/MS，常用的校正化合物是FC-43，也稱為過氟三丁烷胺。其它的校正化合物混合物也被用于調整高分辨率質譜的校正比例。碘化銫鈉（NaCsI）和聚乙二醇混合物是LCMS的校正物。在LCMS兼容的溶劑中，NaCsI以穩定狀態流入或加入到質譜儀中，在整個4000Da的范圍內產生一系列單同位素峰，可用于質量校正。含有可選擇的標準肽、蛋白質、基質和溶劑等，用于對MALDI質譜儀進行校正、調諧和靈敏度檢測的有效工具包已經商品化。Sigma Aldrich®公司已經這樣一種用于蛋白質和肽復雜混合物的分析（700到66000Da）的一套試劑盒。
質量鎖定
對于一些在TOF或類似的高質量精度的儀器上進行的對質量精度要求較高的測定時，需要隨時嚴格監控儀器狀態。溫度的微小變化，可能導致質量數幾個ppm的偏差。根據使用電離類型，使用一些一直存在的已知污染離子，可實現連續的質量校正。或者在整個分析過程中，對離子流定期取樣，以實現隨時校正。如果在色譜柱后，質譜進口之前的LC洗提液中，添加用于質量鎖定的校正物，這通常引起不可控的結果，比如離子抑制，質量數干擾和溶劑效應等。TOF型質譜儀能實現較低ppm的質量精度，對于傅里葉變換離子回旋共振（FTICR）質譜儀，如果控制進入系統的離子數，則可達到更高的質量精度。通過質量鎖定對質量數實時校正可以去除用事先已建立的質量比例校正的質量誤差。信號較弱有時是另一易被忽略的原因，可通過對LC峰各采樣點進行平均進行校正。雙電噴霧源是蛋白質組學研究或低水平代謝物鑒定的理想電離方式。這種方法使用兩個獨立ESI探針，使用可編程的步進馬達驅動的振蕩阻隔板，從校正噴霧（或參照）流中取樣。在預設的間隔時間內從對照噴霧取樣，并確保樣品采集任務循環。取樣阻隔板的位置被實時監測，以便指示出兩液體的入口，對照和樣品數據存儲在獨立的文件中。這種設計減少了被測物和參照物的相互影響。
