怎樣在選擇保護柱的時候做到不影響分離分析呢？這是色譜工作者經常面臨的一個問題。通常，樣品是否清潔是我們在選擇保護柱的時候首先要考慮的。根據分析工作者的經驗可知，一只1cm長的保護柱就能提供充分的保護作用。但是，假如樣品非常不清潔，或工作中發現要經常更換1cm的保護柱，那么就應選擇2cm或3cm長的保護柱。保護柱越長，自然所裝填的色譜填料越多，則其越能避免污染物進入分析色譜柱的機會。當然，隨著保護柱的長度加長，樣品的保留時間會比使用短保護柱長。一般來說，保護柱的內徑與分析色譜柱的內徑相同或相當即可。
保護柱的填料裝填方式也是選擇保護柱時要考慮的重要因素。目前有兩種填料方式：
（1）薄膜裝填法的保護柱，使用過程很簡單方便，而且可以在實驗室中進行干裝。但是，其最大的缺點是不經濟，特別是針對中國的具體情況，一次性使用相對費用較高。另外，薄膜裝填法的保護柱所裝填的色譜填料有限，只能提供很有限的保護作用；不過也因為所裝填的色譜填料較少，保護柱的長度也較短，所以對分析樣品的保留時間的影響也很小。
（2）還有一種保護柱結構其實質是縮短了的色譜分析柱，設計方式上有直連式、手緊式或整體式。整體式設計是由色譜柱的生產廠商直接安裝在色譜分析柱上的，必須與色譜分析柱一同訂貨，可以非常方便地使用，但不能夠被修改。直連式結構設計可在任何時候由色譜工作者來安裝連接，可以與任何品牌的色譜分析柱連接使用，而且還可以根據樣品的相關情況選擇不同的保護柱長度。手緊式保護柱從結構上講是與直連式保護柱一樣，只是在連接時不需要借助扳手等工具，直接用手上緊即可。另外從保護柱結構的角度看，保護柱的結構又分為是否可以更換保護柱柱芯。現在大多數的保護柱均可以更換保護柱柱芯，可以降低保護柱的使用成本。大多數人是根據色譜分析柱的填料選擇保護柱的填料，正常情況下可以選擇與分析色譜柱一樣的色譜填料。但是，根據實際的分析工作，也可不必與分析色譜柱的填料完全相匹配。
總之，對于選擇保護柱的原則是：在滿足分析分離要求的前提條件下，盡可能地選擇較短的保護柱結構，盡可能選擇對分離樣品小一些保留性的填料。
